特殊車両の申請は、どの道路でもオンライン申請が出来るわけではありません。
特殊車両通行許可申請をオンラインで申請するためには、国道事務所（国交省）が管理している道路を通行する必要があります。
通行箇所は一か所でも構いませんが、国道事務所が管理していない一般国道もありますので注意が必要です。
また、高速自動車国道及び重さ指定道路、高さ指定道路では、重量最大２５トン（軸重によって異なる）高さ４．１mまでの車両は自由に通行が出来ますので、例えば、重量２５トンまでの車両の申請をする場合は、指定道路では無い県道や国道などを管理する事務所に申請しなければいけません。
国道事務所が管理する道路は、その殆どが指定道路ですので、上記以内の重量及び高さであれば、オンライン申請は出来ないケースが多くなります。
その他、新規格車もオンライン申請をすることは出来ません。
新規格車とは、車両制限令の改正により、高速自動車国道及び指定道路については、許可なく自由に走行できる車両です。
簡単な見分け方は、車両の前方に２０ｔ超と記載されたステッカーが貼ってあります。
上記のようにオンライン申請が出来ない場合は、県の土木事務所などに出向いてのFD（フロッピーディスク）申請となります。
土木事務所によっては、フロッピーディスクのみの受付となり、CD等での対応はされていませんので、フロッピーディスクに書き込める環境が必要となります。はっきり言って、オンライン申請ができない特殊車両通行許可申請は、オンライン申請の3倍大変です。＾＾；
